Dans la première moitié du 16e siècle, l'église fut remodelée à la demande d'Andrea Doria et pris une allure plus gothique dont il ne reste que la façade. Furent ajoutés à l’entrée une mosaïque représentant Saint Matthieu et, à la base de la fenêtre droite, un sarcophage romain, trophée de la bataille de Curzola contre les Vénitiens. Le tombeau d’Andrea Doria a été placé dans la crypte à l'intérieur de l'église.